Часто рассаду выращивают на подоконнике, где бывает прохладно, особенно если из щелей поддувает. Это одна из причин почему рассада помидоров становится фиолетовой. Фиолетовый окрас говорит о наличии пирилиевых солей, окрашенных растительных гликозидов антоцианов (антоцианины). Рассада томатов начинает синтезировать больше антоцианов (они помогают растению защититься от холода) при понижении температуры. В этом случае фиолетовый оттенок приобретают и листья и стебли растения. Слишком низкая температура почвы, ниже 14°, не дает корневой системе растения усваивать фосфор. Второй вариант это недостаток фосфора или его форма недоступна для усвоения. Окрашиваются как правило листья на обратной стороне начиная с нижних. Верхние листья становятся темно-зелеными и могут закручиваться. Исправляется внесением подкормки с содержанием фосфора. Фиолетовость может быть следствием нехватки серы. При ее нехватке листья становятся светло зелеными с желтизной и с фиолетовым оттенком снизу.