Чтобы скрыть товар с нулевым количеством, но при этом оставить переходы по прямым ссылкам из поиска надо в файле catalog/model/catalog/product.php (дефолтный шаблон) найти строчки 79 и 434
$sql .= " LEFT JOIN " . DB_PREFIX . "product_description pd ON (p.product_id = pd.product_id) LEFT JOIN " . DB_PREFIX . "product_to_store p2s ON (p.product_id = p2s.product_id) WHERE pd.language_id = '" . (int)$this->config->get('config_language_id') . "' AND p.status = '1' AND p.date_available <= NOW() AND p2s.store_id = '" . (int)$this->config->get('config_store_id') . "'";
и заменить их на
$sql .= " LEFT JOIN " . DB_PREFIX . "product_description pd ON (p.product_id = pd.product_id) LEFT JOIN " . DB_PREFIX . "product_to_store p2s ON (p.product_id = p2s.product_id) WHERE pd.language_id = '" . (int)$this->config->get('config_language_id') . "' AND p.status = '1' AND p.quantity > 0 AND p.date_available <= NOW() AND p2s.store_id = '" . (int)$this->config->get('config_store_id') . "'";
Информация может быть полезной